Saat ini Kebaktian Komisi Remaja terdiri dari:

1. Kebaktian Remaja : Pk. 09.30
2. Persekutuan Tunas Remaja : Pk. 09.30 
3. Persekutuan Remaja Pembangunan (Peranan) Pk. 09.00

Seluruh kegiatan Komisi Remaja bertempat di Ruang Komisi Remaja Lt. 3 GKI Samanhudi dan khusus untuk Peranan bertempat di Gedung Sekolah SMPK 2 Penabur Jl. Pembangunan II No. 1.

Dalam sejarahnya ada 2 versi tahun lahirnya Komisi Remaja GKI Samanhudi antara 7 Mei 1960 atau tahun 1961. Namun perayaan yang diikuti adalah mengikuti tahun 1961.

Saat peristiwa GKI Patekoan pecah tahun 1953, dan sebagian jemaatnya pindah ke Jalan Samanhudi 28,, kemudian Perkumpulan Pemuda langsung dengan nama Cheng Yang Hui. Perkumpulan pemuda ini tidak eksklusif untuk pemuda Kristen namun terbuka bagi pemuda non GKI dan non Kristen di Jakarta. Perkumpulan Pemuda ini bahkan adalah organisasi yang dirintis setelah perang dunia kedua, yang aktif tidak hanya mengadakan kegiatan rohani, tetapi juga kegiatan sosial.

Ketika Gereja Kelinci dibangun, Komisi Pemuda semakin berkembang, dan orang yang berperan besar adalah Pak Hiek Liang dari Gereja Semarang dan sangat diandalkan oleh Majelis untuk melayani organisasi pemuda.

Dari organisasi pemuda tersebut, lahirlah tokoh-tokoh yang berperan besar mengembangkan Komisi Remaja pada masa awal, yaitu kakak beradik Elga Oey dan Lia Oey. Mereka banyak berperan di remaja GKI Kelinci dan walaupun secara struktural tidak menjadi pengurus resmi, mereka adalah aktivis senior. Lia dikenal karena idenya dalam mempelopori kegiatan Vaction Bible School. Sedangkan kakaknya Elga lebih berperan di Paduan Suara sebagai tenaga kategorial resmi.

Pdt. Liely adalah orang pertama yang benar-benar memantapkan jalannya Komisi Remaja. Beliau fokus dan full-tim mendampingi pemuda dan remaja, kemudian setelah Pdt. Liely , beberapa pendeta yang ikut terlibat dalam pembinaan Komisi Remaja, seperti Pdt. Paul Suradji, Pdt. Andi Theng, dan Pdt. Junatan Subianto.

Pada tahun 1976, terjadi perpindahan jemaat kebaktian umum dari Gereja Kelinci ke Gereja Samanhudi, dan Majelis Jemaat memutuskan bahwa gedung Gereja Kelinci dipakai untuk Komisi Remaja, dengan alsan bahwa Komisi Remaja memiliki aktivitas lebih banyak dan membutuhkan area yang lebih besar.

Kebaktian Tunas Remaja pada awalnya diadakan di lokasi SDK 1 Penabur dimana kegiatan Sekolah Minggu mengambil tempat, tetapi sejak September 1993 dipindahkan ke lantai tiga gedung Jln. Kelinci 34 agar dekat dengan remaja. Kebaktian ini diselenggarakan lebih bersifat persekutuan dimasukan unsur liturgi. 

PERANAN (Persekutuan Remaja Pembangunan) adalah persekutuan yang bernaung di bawah GKI Samanhudi dan BPK Penabur, Jl. Pembangunan III No. 1A.

Tahun 2010 kegiatan Komisi Remaja seluruhnya berpindah dari Gedung Gereja Kelinci ke Gedung Samanhudi 30 sehubungan dengan kondisi struktur Gedung Kelinci yang perlu direnovasi